Der Gelbe Enzian ist mit seinen meterhohen Stengeln der imposanteste Vertreter der Enziangewächse. Die blaugrünen Blätter stehen immer gegenständig, das heisst zwei stehen einander auf gleicher Stengelhöhe gegenüber. Im nichtblühenden Zustand ist der Gelbe Enzian leicht mit dem giftigen Weissen Germer zu verwechseln. Dessen Blätter sind aber wechselständig, also einzeln am Stengel angeordnet.
Der Gelbe Enzian besitzt einen mächtigen Wurzelstock, der aufgrund seiner verdauungsfördernden Bitterstoffe zu einem beliebten Schnaps verarbeitet wurde. Zum Beispiel wurde in der Schweiz allein im Jahr 1928 aus 340 000 kg Wurzeln Enzianschnaps destilliert. Das massenhafte Ausgraben führte Anfang des letzten Jahrhunderts dazu, dass die Art mancherorts selten wurde.